La historia de Munera se puede remontar hasta los primeros tiempos. Se han encontrado restos del Neolítico y del Paleolítico, como hachas de piedra tallada pulimentada, puntas de flecha de diversos materiales, candiles, etc. A 5 kilómetros del pueblo y no lejos de la antigua vía romana, la morra del Quintanar puede dar una idea de lo que fueron los poblados íberos de la Edad del Bronce.

Los yacimientos arqueológicos forman como un arco que va de este a noroeste, pasando por el sur del término, como si se fueran agarrando a las primeras estribaciones de la Sierra de Alcaraz que por esta zona apuntan.

El actual término municipal de Munera estuvo cruzado por una vía romana de sureste a noroeste, llamada en otros tiempos Camino Real, ahora Camino Viejo de Munera y Lezuza. Esta vía era de las llamadas "terrenas", es decir, que no estaba fabricada con piedras superpuestas formando una calzada, ya que el terreno que atraviesa pertenece, según el Instituto Geológico y Minero, al infracretáceo, terreno muy duro y pedregoso.

El pueblo, en calidad de aldea de Alcaraz, enclavada en su territorio y conocida vulgarmente por la Dehesa de Doña Berenguela, iba creciendo y teniendo aspiraciones de independencia. Por otro lado, a los monarcas ya no les interesaba perpetuar aquella posesión real y por ello decidieron dividir esta jurisdicción en "ocho cuartos de dehesa", que se llamaron: "Don Benito", "Los Morcillos", "Cerro Collado", "Asperilla", "La Lastra o Míngo Mínguez", "San Bartolomé", "Lechina" y "Las Zorizas". Estas porciones fueron vendidas a otros tantos propietarios en el año 1.548. El concejo se quedó con San Bartolomé en calidad de Dehesa de Propios.

Todo esto dio origen a la concesión del Privilegio de Villazgo, el día 4 de agosto de 1.557, por su majestad el Rey Don Felipe II, siendo firmado "por la mano de su muy cara hermana la Serenísima Princesa de Portugal (María de Austria), siendo gobernadora de estos reinos".

Este privilegio concedía al lugar de Munera exención de jurisdicción de la ciudad de Alcaraz, haciéndole Villa de por sí y sobre sí, con jurisdicción civil y criminal para ejercer en ella y una legua en su contorno. Más tarde y por necesidades y conveniencias particulares fue ampliada en toda la mitad norte y mantenida en el resto.

Como es natural, la vida de Munera empezó a ser pujante desde este momento, al disponer de sus riquezas naturales en beneficio exclusivo de los componentes del nuevo municipio. De todas formas siguió sujeto a las "Residencias" o tutela de los Corregidores de Alcaraz que, hasta el año 1.740, estuvieron encargados de tomar cuentas y autorizar los presupuestos a los regidores de la Villa.

Paralelamente con el título de Villa, se concedieron unos privilegios y regalías determinados. Uno de ellos consistía en que el concejo podía poseer un molino, que se llamó "molino del Concejo". Otro de los curiosos privilegios otorgados al Ayuntamiento era el de poder nombrar anualmente un predicador a su gusto para el Adviento, la Cuaresma y las fiestas de la Virgen. Generalmente, este nombramiento recaía en uno de los frailes del convento de Villarrobledo.

A lo largo de la historia de Munera, varios son los desastres naturales que la han asolado. Entre ellos, podemos destacar el 19 de agosto del año 1.574, fecha en la que se desencadenó una tormenta que duró casi veinticuatro horas, siendo tal la cantidad de agua caída que rápidamente y de forma alarmante comenzaron a subir el caudal de los ríos Quintanar y Ojuelo.

Otro de estos desastres se produjo en 1.802, cuando el desbordamiento del río Córcoles provocó el hundimiento del frágil puente existente sobre éste, dejando cortado el término en dos mitades e imposibilitando la llegada hasta los molinos, con que los vecinos llegaron pasar hambre.